* PIN2 andmine internetipankades on mingite tarkvara kombinatsioonide korral katki. Tegelikult pole isegi teada, kas asi on tarkvarakombinatsioonides, riistvaras või internetiühenduse parameetrites. Täpselt sama LiveCD pealt ei saa eri kasutajad alati sama tulemust. Probleemide korral tasub kõigepealt lugeda hoolikalt [[ID-kaardi kasutamine#Digiallkirja andmine (PIN2)|digiallkirja andmise juhendit]] ja vaadata, äkki saab selle täpse järgimisega ikkagi tööle.
* [http://digidoc.sk.ee/ DigiDoc] portaalis allkirjastamine ei tööta. Smartlink'i testvaramu pakettide poolt pakutava ID-kaardi toega [http://pingviin.org/ftopic7559-0-asc-59.html ei töötagi]. Selle asemel tuleks kasutada nt [http://www.eesti.ee/portaal/portaal.sisene?level=30&loc=!digidoc.dokumendid%3Flipik%3DD Riigiportaali pakutatavat digiallkirjastamist]. DigiDoc portaali allkirjastamine töötab pakettidega, mille plugina versiooninumber on väiksem kui 1.0.0 (ehk siis ilmselt 0.4). Neid pakette hakkab ehk saama uuest Estobuntu versioonist 10.05 (aga see pole veel teada, sisuliselt on sarnased paketid nt Estobuntu ''Karmic'''u väljalaskes).'''Seda viga ei paista esinevat uuemate versioonidega ID-kaardi pakettidega (alates september 2010).'''
* Firefox'i sulgemisel ei saa uuesti Firefoxi käima panna ja öeldakse, et enne uuesti käivitamist tuleb Firefox sulgeda. See on Smartlink'i varamu [http://code.google.com/p/esteid/issues/detail?id=48 uuendatud OpenSC draiverite (''libopensc3'') probleem] ja see tuleb kas a) lihtsalt ära kannatada ja oodata, kui Smartlink selle ära parandab või b) kasutada nt natuke vanemaid pakette [http://www.estobuntu.org/tee-ubuntust-estobuntu Estobuntu varamust], millega seda probleemi pole. Firefoxi saab siiski uuesti käivitada, kui sundida enne käinud Firefox jõuga sulguma, käivitades [[terminal]]ist käsu: ''killall firefox-bin''. Juhendid kuidas korraldada käsitsi Estobuntu varamute peale üleminek leiab [http://pingviin.org/ftopic7654-0-asc-39.html Pingviini foorumist].'''Seda viga ei paista esinevat Ubuntu 10.10 Maverick Meerkat'is.'''
* Kui süsteemis on juba olemas Sun'i java ja ID-kaardi paketid ning paigaldada lisaks juurde OpenJDK, siis võtab OpenJDK jõuga enda kätte õiguse Firefoxi pluginat pakkuda. See pole temast kena ja see segab ID-kaardi kasutamist. OpenJDK'le saab õpetust anda käivitades käsurealt ''sudo ubuntu-idkaart-seadista-java'' või paigaldades uuesti paketi ''ubuntu-idkaart-brauser''.